Na een El Niño komt er vaak een La Niña (wat het meisje in het Spaans betekent). Het wordt ook wel gezien als het zusje van El Niño.

Het warme water voor de Zuid-Amerikaanse kust wordt weggedreven en een koude stroom komt hiervoor in de plaats. Het warme oppervlaktewater verschuift naar Australië, verder dan in een ‘normaal’ jaar. Waardoor er meer regen valt in Azië en Amerika. Dit noemt men de Walker circulatie.

Meer uitgesproken La Niñas kwamen voor in de periode 1988-1989 en 1998-2001, de La Niña van 1995-1996 was tamelijk zwak. De La Nina van 2007-2008 was overigens de sterkste ooit gemeten en zorgde voor kouderecords in onder andere China en Noord-Amerika.

De verkoeling stelt in vergelijking met de verwarming niet veel voor. Toch heeft La Niña wel degelijk invloed. De effecten van La Niña zijn meestal precies omgekeerd aan El Niño. Zo zal op plaatsen waar het tijdens El Niño heel droog was nu veel regenen en omgekeerd. Vroeger dacht men dat La Niña niet bestond en zag men haar als de normale situatie. Tegenwoordig weet men wel dat La Niña iets anders is, mede dankzij metingen en satellietgegevens. La Niña is echter veel minder erg dan een El Niño en richt ook niet veel schade aan. Men kan haar beter zien als een versterking van de normale omstandigheden.