In normale omstandigheden is het langs de Peruaanse kust koeler dan in het centrum en het westen van de Stille Oceaan, doordat daar koud water opwelt uit de diepte. Dit temperatuurverschil induceert een drukverschil en bijgevolg een luchtcirculatie, die gekend is als de Walker-circulatie.
Tijdens een El Niño-periode welt er in het oosten minder koud water op en is het er warmer dan normaal. Tengevolge daarvan zal de Walker-circulatie verstoord worden.
De laagste druk bevindt zich nu boven het centrum en het oosten van de Stille Oceaan. Daar vinden we nu stijgende lucht, wolken en neerslag, terwijl ze in het westen te kampen krijgen met droogte. Dit is El Niño.