In normale omstandigheden is het langs de Peruaanse kust koeler dan in het centrum en het westen van de Stille Oceaan, doordat daar koud water opwelt uit de diepte. Dit temperatuurverschil induceert een drukverschil en bijgevolg een luchtcirculatie, die gekend is als de Walker-circulatie.
In een typische Walker-circulatie bevindt de laagste druk zich in het westen van de Stille Oceaan met vooral daar stijgende lucht, wolken en neerslag. In het oosten daalt de lucht meestal, waardoor de neerslag er beperkt is. Het is dan ook niet toevallig dat we in deze regio een aantal droge gebieden terugvinden, waaronder de Atacama-woestijn.
Tijdens een El Niño-periode welt er in het oosten minder koud water op en is het er warmer dan normaal. Tengevolge daarvan zal de Walker-circulatie verstoord worden.
De laagste druk bevindt zich nu boven het centrum en het oosten van de Stille Oceaan. Daar vinden we nu stijgende lucht, wolken en neerslag, terwijl ze in het westen te kampen krijgen met droogte. Dit is El Niño.
